Ideja par Daugavpils Marka Rotko mākslas centra izveidi dzima 2002. gadā un simboliski kļuva par sākuma punktu ceļā uz pasaulslavenā mākslinieka, abstraktā ekspresionisma pamatlicēja Marka Rotko, atgriešanos dzimtajā pilsētā. Svinot mākslinieka simtgadi, viņa bērni, Keita Rotko Prizela un Kristofers Rotko, pilsētai uzdāvināja četrdesmit retrospektīvas muzeja kvalitātes Marka Rotko darbu reprodukcijas, kas kļuva par topošā mākslas centra kolekcijas pamatu un vērtību. Godinot mākslas ģēniju un apzinoties viņa vārda un mākslinieciskā rokraksta pazinēju plašo ģeogrāfiju, 2005. gadā Daugavpilī tika organizēts pirmais starptautiskais glezniecības plenērs “Marks Rotko”, kas kļuva par tradīciju un stabilu pamatu kolekcijas turpmākai papildināšanai. Plenēra ideja paredzēja vismaz divu jaunradīto mākslas darbu dāvinājumu topošajam mākslas centram. 2013. gadā atklātā Daugavpils Marka Rotko mākslas centra kolekcijā jau bija vairāk nekā divi simti plenēru laikā tapušo glezniecības darbu. Pašlaik tie veido kolekcijas “Zelta fondu”, liecinot par laiku, kad šķietami utopiska ideja vainagojās ar sekmīgu realizāciju.

Marka Rotko mākslas centrs jau idejiski tika pozicionēts kā multikulturāla dialoga punkts, kur pagātne arhitektūras formās satiekas ar nākotnes radošo impulsu. Aktīva mākslas centra starptautisko simpoziju un mākslas izstāžu projektu programma veicina profesionālu Latvijas un pasaules mūsdienu mākslas pārstāvju piesaisti un māksliniecisko jaunradi. Ik gadu mākslas centra kolekciju papildina starptautisko simpoziju dalībnieku dāvinājumi dažādos mākslas medijos (glezniecība, grafika, keramika, fotogrāfija, skulptūra, tekstils), paplašinot kolekcijas ģeogrāfiskās robežas un apliecinot mākslinieciskās izpausmes daudzveidību, individualitāti un pat eksperimentus. Mākslinieku individuālie dāvinājumi ir apstiprinājums sekmīgai sadarbībai izstāžu projektu realizēšanā un pagodinājums Marka Rotko personībai, kas caurstrāvo mākslas centra telpu un esību.

Tikpat būtiska nozīme mākslas centra kolekcijas veidošanā ir memoriālo vērtību saglabāšanai un mākslas pēctecības nodrošināšanai. Tādēļ mākslas centrs apzināti veido Daugavpilī dzimušu mākslinieku (Pētera Martinsona, Sigurda Vīdzirkstes, Silvas Linartes) memoriālās kolekcijas, saglabājot un mākslas valodā stāstot par personībām un viņu atstāto radošo mantojumu.

2018. gada nogalē Daugavpils Marka Rotko mākslas centrs noslēdza līgumu ar mākslinieku un mākslas mecenātu Bazilu Alkaci (Basil Alkazzi) par Basil Alkazzi iepirkumu fonda izveidi, kas deva iespēju papildināt mākslas centra kolekciju ar augstvērtīgiem jaunu un pieredzējušu Latvijas un ārvalstu gleznotāju un grafiķu mākslas darbiem. Pateicoties iepirkuma fondam, kolekcija tika papildināta ar jau pārstāvētu mākslinieku mākslas darbiem (Sigita Daugule, Sandra Krastiņa, Vineta Kaulača, Anita Meldere, Guna Millersone), kā arī bagātināta ar vecmeistaru (Inta Celmiņa, Edvards Grūbe, Džemma Skulme, Osvalds Zvejsalnieks) un jaunu daudzsološu mākslinieku gleznām (Sandra Strēle, Mētra Štelmahere). Kolekcijā nonāca gan pasaulslavenu novadnieku gleznas (Sigurds Vīdzirkste, Žaks Šapiro), gan reģiona mākslinieku veikums (Valda Mežbārde, Agra Ritiņa, Ingūna Liepa, Ilze Griezāne u.c.).